增值税抵扣实行的是投入产出法核定扣除，从企业所得税上来讲，仍然需要取得农产品发票作为入账依据和税前扣除的依据的。

注意：

购进农产品取得增值税专用发票，若是按核定扣除计算进项税额，同时又勾选确认抵扣进项税额，这样就会造成重复抵扣农产品进项税额，大家一定要注意这种风险。

1、《国家税务总局广东省税务局 广东省财政厅关于在酱油制造和豆豉制造行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的公告》（国家税务总局广东省税务局 广东省财政厅公告2020年第5号）第四条规定，试点纳税人购进农产品不再凭增值税扣税凭证抵扣增值税进项税额。在购进农产品时仍应按照《中华人民共和国发票管理办法》有关规定取得发票或开具农产品收购发票，并按《实施办法》第六条规定计入成本。纳税人不按规定取得发票或开具农产品收购发票,导致会计核算不健全或者不能够提供准确税务资料的，经主管税务机关核实确认后，退出农产品核定扣除试点。

2、财税〔2012〕38号《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》四、农产品增值税进项税额核定方法

　　（一）试点纳税人以购进农产品为原料生产货物的，农产品增值税进项税额可按照以下方法核定：
　　1、投入产出法：参照国家标准、行业标准（包括行业公认标准和行业平均耗用值）确定销售单位数量货物耗用外购农产品的数量（以下称农产品单耗数量）。
　　当期允许抵扣农产品增值税进项税额依据农产品单耗数量、当期销售货物数量、农产品平均购买单价（含税，下同）和农产品增值税进项税额扣除率（以下简称“扣除率”）计算。公式为：
　　当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）
　　当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量